Sejarah Desa
Menurut cerita dari sesepuh pinisepuh Desa Kebonagung zaman dahulu ada prajurit kerajaan Mataram bernama Kyai Agung datang ke suatu wilayah yang masih berbentuk hutan belantara dan belum ada penduduknya, sedangkan kyai Agung datang tidak sendirian di ikuti oleh beberapa prajuritnya. Konon waktu itu pernah singgah sementara atau basa jawanya mesanggrah yang sampai sekarang dinamakan Sanggrahan, karena belum ada ketetapan daerah mana yang akan dijadikan tempat untuk bertempat tinggal. Dikemudian hari kyai Agung dengan pengikutnya membuka lahan, hutan untuk bertempat tinggal, karena masih berbentuk hutan yang luas maka kayai agung menetapkan untuk mendirikan rumah dan bercocok tanam di tempat ini.Karena pertama kali yang membuka hutan sekaligus berkebun oleh pengikutnya diberi nama Kyai Kebonagung hingga sekarang dinamakan Kebonagung, oleh karena beliau yang pertamakali bubak sembung senggani atau yang membuka lahan perkebunan dan pertanian dan sekaligus menjadi pemukiman, suatu hari Kyai agung bersama pengikutnya berjalan jalan menuju arah barat disitu ada bukit yang subur dan lebat bukit tersebut oleh kyai Agung dinamakan Bukit Siketi, dilereng bukit siketi ternyata ada sumber mata air yang cukup besar oleh Kyai Agung lereng tersebut dinamakan Girtirto, Giri berarti Gunung Tirto berarti Air .
Kemudian salah seorang pengikut Kyai Agung yang bernama Kyai Kopek diberi tugas untuk membuka lahan disebelah utara Giritirto sekaligus untuk tempat tinggal karena di tempat itu ada sumber air yang besar dan kali yang jernih di kanan kiri kali tersebut tumbuh pohon yang besar salah satunya ada pohon nangka yang berbuah lebat oleh kyai Kopek tempat dinamakan kalinongko. Selanjutnya menurut cerita para zaman itu ada pengikut kyi Agung yang lain yaitu Kyai putih membuka Lahan di sebelah utara kalinongko bersama temannya yang bernama kyai Dalang maka tempat itu dinamakan Putihan.
Pengikut Kyai Agung yang lain yang ada yang punya pengetahuan dan tingkah laku yang jujur, dan bisa menjadikan pengangan dan keteladanan bagi yang lain oleh karena sifat dan tingkah laku tersebut kemudian diartikan sebagai gondelan berarti yang bisa dijadikan pegangan maka tempat itu dinamakan Gendelan. Pengikut yang lain diperintahkan untuk membuka lahan disebelah timur Gendelan dalam pengembaraan itu berhasil membuka lahan tersebut kemudian dinamakan Kembaran.
Ada lahan di sebelah selatan kebonagung yang cukup subur oleh Kyai Agung Salah satu pengikut yang lain diperintahkan untuk membuka lahan sekaligus untuk dijadikan pemukiman Gebrakan pembukaan lahan tersebut maka dsun tersebut dinamakan Gebrukan
Desa Kebonagung.secara Administarasi termasuk Kecamatan Bandongan Kab. Magelang terletak di sebelah Untara barat laut Kab. Magelang dengan jarak 25 km dan 4 km dari Kecamatan Bandongan.
Tepatnya di sebelah timur Gunung Sumbing dengan ketinggian 650-900m dari permukaan air laut.
Desa Kebonagung terdiri dari :
8 Dusun, 31 RT, 10 RW
Luas Wilayah Desa Kebonagung = 255,535 Ha, dengan batas :
a) Sebelah utara : Desa Tonoboyo
b) Timur : Desa Sukodadi
c) Selatan :Ds.Banjarejo,Ds.Beseran,Ds.Balaekerto Kec.Kaliangkrik
d) Barat : Desa Kalegen